自太平军东征失败以后，整个太平天国上下都惶惶不可终日，担心李卫国再次率军来犯，原本藐视沪军战斗力的太平军将领们，如今也都闻沪军之名而色变。：
担心沪军西征，太平军在雨花台和孝陵卫构筑大量防御工事，不过很快传出一个令太平军感到不可思议的消息，沪军竟然在这次战役中伤亡超过五万人，主力被打残。
对于这条消息，太平天国高层都不相信，很快洪秀全和杨秀清等人明白李卫国的用意，这是李卫国在向清廷皇帝示弱，表明咸丰皇帝跟李卫国之间已经不再信任，这对太平天国来说是个不幸中的好消息，这意味着李卫国今后几年将会潜伏，不可能再与太平天国爆发大规模战役了。
经过东征惨败，太平天国的精锐被消耗了一大半，这令太平军原本咄咄逼人的攻势不得不减缓。
西线上，曾国藩得知李卫国被咸丰猜忌，也听到了民间流言，皇帝对汉族地主武装很是忌惮，曾国藩也害怕了，于是也学着李卫国的策略，率领湘军主力疯狂反扑，趁着太平军东征战败士气不振之良机，一举攻占岳州、武昌，差点俘虏了北王韦昌辉。
咸丰帝大喜过望，令曾国藩署理湖北巡抚。然而，大学士祁隽藻进言，称“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳，匹夫居闾里，一呼，蹶起从之者万余人，同李卫国者，皆非国家福也。”
咸丰帝本就多疑，一个李卫国就已经让他很头疼了，他后悔当初让李卫国执掌江南省巡抚，听说浙江已经被李卫**事管制，实际上李卫国已经是两省的总督，权利过大，尽管李卫国示弱宣布沪军主力被打残，但咸丰还是多疑。有了前车之鉴，咸丰于是收回对曾国藩成命，仅赏曾国藩兵部侍郎头衔。
北王韦昌辉被打得只有招架之力没有还手之力，最后不得不重新启用石达开。石达开虽然经历了东征惨败的教训。病了大半年，但他毕竟是太平军的战神，低迷的太平军士气需要石达开来鼓舞。
很快，石达开重新率领西征军，同曾国藩在湖南爆发大战。陆续收复岳州、武昌等地，不过石达开的精锐都折在了江东，仅剩下的精锐跟湘军火拼之后，也无力再战，最终太平军和湘军对持在长沙，都无力再战，纷纷转入休整期。
与此同时，江北大营的胜保被咸丰骂了一顿后，率军进攻安徽境内的太平军，结果太平军故意示弱诈败。胜保求胜心切，孤军深入，结果被太平军伏击身亡，五万大军全军覆没，随后太平军突袭扬州，一举捣毁江北大营。
清廷恐慌，终于明白清军八旗和绿营兵已经不堪一击，不得不重用地方汉族武装力量。
这时，肃顺举荐李鸿章为安徽提督，得到清廷批准。举荐左宗棠为浙江提督。不过遭到奕欣的强烈反对，咸丰也不想在这个时候刺激李卫国，于是便没有同意。
不过，左宗棠还是跟曾国藩借了一千老兵。跟谁李鸿章来到安徽组建淮军。左宗棠跟胡雪岩是八拜之交，胡雪岩于是捐给淮军一百万两银子和二十万石粮食，迅速帮助李鸿章和左宗棠在安徽站稳了跟脚。
得知李鸿章和左宗棠到了安徽，李卫国也是大吃一惊，他知道李鸿章即将崛起了，不过跟李鸿章比起来。李卫国此刻更忌惮的是左宗棠，还有那个徽商巨头胡雪岩，一个是将军，一个是大财主，这会令他们迅速崛起，对李卫国来说，是一个巨大的潜在威胁。
还好李卫国率先占领了浙江，不然左宗棠若是进入浙江，那可就是更大的威胁了。
有忧也有喜，先是李卫国上报朝廷纳沈紫嫣和苏玉娘为侧福晋，咸丰本来还准备安排女人在李卫国身边当眼线，结果被李卫国抢了先，这令咸丰非常不爽，可又不能下旨不允许，只好作罢。还好兰妃一直替李卫国说好话，这才安抚住了咸丰。