德川庆喜在大阪聚集兵力，顿时让日本朝廷慌乱起来，他们开始连夜商讨妥协方案，但西乡隆盛等主战派坚决讨伐幕府，并称德川庆喜为逆贼，只有逆贼切腹这场倒幕运动才能停止。然而朝堂上下还是本着日本团结为要，最终通过了妥协方案，保留德川庆喜的原内大臣称号，并将政府经费减半。
松平庆永又来到大阪劝说，但德川庆喜此时底气很足，断然拒绝了这新的折中方案，一场大战已经在所难免。
随即，天皇颁布发令，“幕府领地内明年的租税减半”，并派出使者前往神户，与六国公使见面，宣布天皇接任日本大权，并承认与幕府签订的条约依然生效。六国开始表态，宣布中立，不支持任何一方，但英法美三国都暗中支持倒幕派，卖给了他们很多武器。得到英法二国的支持后明治天皇在京都开始阅兵，由于天皇新政府的减税政策得到了广大农民的拥护，由相乐总三在近江组建了一支2000人的赤报队，紧接着萨摩三千人抵达京都，在京都周围倒幕军已经聚集了一万人。
双方都在加紧部署，但谁也么有先动，都在等对方先妥协。
西乡隆盛发觉朝廷之上妥协派势力见增，竟然有人提出维持现状，默许幕府在大阪割据，甚至有人还要请德川庆喜重新入京补议定之职，明治天皇也不轻易言战，主战派的长洲藩与萨摩藩终于按耐不住，他们想出了一个阴损的招数，派出武士和浪人潜入幕府的老巢江户城，烧杀抢掠，制造混乱，以此激怒幕府。果然，幕府军面对萨摩、长洲二藩的骚扰忍无可忍，一怒之下他，们放火烧了主江户的萨摩藩府邸。1868年一月一日，德川庆喜发布讨萨表，并以还政为名指挥幕府军和会津、桑名等藩兵一万五千人兵分两路向京都进发。
京都御所内，众倒幕官员再次相聚一堂，谈论幕府大军入京一事。
“天皇陛下，诸位亲王，各位大人，德川庆喜此次入京正是为还政一事而来，切莫恐慌和敌对，在下还是那句话，一切以我们日本的团结安定为要！”松平庆永说完，拿出有一个折子一样的东西，“这是臣的意见书，还请明治天皇过目！”
“一派胡言！”大久宝利通站起身指着松平庆永斥责道，“德川庆喜如果要真的还政为何要带大军来，这明显是来威逼天皇的！”几个萨摩藩藩士也是大声指责。
松平庆永不紧不慢道：“原因很简单，在京都有你们萨摩、长洲近万人，换做是我，也不敢只身前来！”“你……”
“大久君莫要慌，虽然德川庆喜是针对你们萨摩藩来的，但大家肯定不会坐视不管的，到时候只要他出任议定之职，就受到制约，再也无法为所欲为，山内荣堂也恳请天皇陛下允许德川庆喜入京！”
这时，西乡隆盛站起身，看着周围的大臣们冷笑道：“原来诸位竟然是苟且偷安之辈，上自议定，下至参与，竟然没有一个有识之士，着实让人愤慨，如果各位继续讨论让德川入京，恕我们萨摩藩不奉陪了！”说完，西乡隆盛、大久宝利通拂袖而走。
紧接着长州藩代表木户孝允也起身向明治告罪一声退席而出。
大殿内的众人面面相觑，看来德川想要进京是行不通了，因为京都周围的安全还需要仰仗两藩的士兵。
中午，三联会议终于通过了阻止德川庆喜进京意见，并派西乡隆盛率军阻挡幕府大军。
一月三日，幕府两路大军分别抵达鸟羽、伏见，主力由陆军奉行竹中重固坐镇指挥，兵力八千人，屯于伏见。
西乡隆盛手下共有5000人，主力为萨摩、长洲二藩，他们也分兵抗拒。虽然天皇新军只有幕府军队的三分之一，但他们装备先进，士气高昂，受百姓拥戴，占据天时、地利、人和。新军装备了全是从英国购买的恩菲尔德米涅步枪，还有200支从美国人手里购买的斯宾塞连发枪，火炮一百二十门，多是英法换下来的前装炮，还有30门从美国购买的二手9磅阿姆斯特朗后装炮，装备可谓精良。