他的作战计划也不复杂，率先歼灭尚可喜麾下的舰队，然后对这些岛屿上的驻军逐个击破，让他们之间失去联系，互相难以驰援，降低登陆作战难度。
经过了一天的小规模试探之后，九月七日中午，双方主力舰队在广鹿岛东南三十里的海域，爆发了决战。
天策军水师舰队准备充足，有备而来，无论是物资补给，还是武器弹药都源源不断的供应，战士们斗志昂扬，对战胜敌人有着绝对的信心。
而尚可喜那边，经历了那场风暴之后，战舰损失过半，后来为解救旅顺的黄龙，准备偷袭复州卫，也遭遇了鞑子的主力舰队，好不容易突围出来，又损失了不少战船。
再加上旅顺被攻陷，总兵黄龙战死，物资补给又不顺畅，不少地方都面临着粮食短缺的问题，士气低迷。
在此之后，鞑子也想染指东江镇，为了阻挡鞑子水师的进攻，双方又爆发了一场战斗，互有损失，然后退去。
经历了如此多的挫折，东江水师的实力已经下降到不足巅峰时期的三成，现在这样双方实力严重不均衡的情况下，整场战斗就变成了一边倒。
战斗一开始，徐文仪就指挥着两艘盖伦船和五艘一号大福船，集中船上所有的红衣大炮，对着敌军旗舰展开猛烈轰击，四五轮下去，尚可喜的旗舰就变得破烂不堪，然后渐渐沉没，尚可喜本人只能跳水逃生。
像这种刚开战，旗舰就被击沉的情况，对于任何一支水师来说都是沉重的打击，明军士气大跌。
徐文仪并没有由于，下令由然后两艘盖伦船带队，其余十余条船尾随其后，一左一右朝着敌军水师迂回包抄，边行进边攻击。
其余战船则排成横列，向斜前方突进，实心炮弹，散弹，链弹不要钱一样的砸向东江水师。
东江水师虽然顽强抵抗，但效果并不大，不但战船少，士兵少，连火炮和弹药都没有天策军充足，开战不到半个时辰，大部分的东江水师战船火力都明显减弱。
一方面是船员受到伤亡，火炮被摧毁，另外就是火药和炮弹不够了，短短半个时辰，他们所储存的炮弹和火药就消耗了七成，加上调度不及时，导致有些火炮没办法继续开火了。
与此同时，两艘盖伦船带队的迂回队伍，也完成了对东江水师的包抄，他们只能承受来自各方面的攻击，连还手的机会都没有了。
就这样，不到六刻的时间，这场大战就以东江镇水师失败告终，除了作为旗舰的一号福船，五艘其余各型战船被击沉，余下的二十一艘战舰，全部打出白旗投降，多少带有一些伤痕。
解决了东江水师舰队，徐文仪处理这些投降战船的同时，也派遣了几艘船靠近各个岛屿，同时派出投降的士兵去各个岛屿劝降。