第二，人口流失，可控的人口急剧减少。随着官僚地主兼并土地的愈演愈烈，明朝实际控制的人口也开始不断减少，大量农民纷纷破产，或流亡荒野他乡，或卖身于豪强为奴。
以至于明朝建立之初，全国户口总数尚有一千六百多万户，但到了弘治四年（即公元1491年）全国仅剩下九百多万户，虽然后来有所缓升，但明朝控制的人口数大量减少是事实。
相应的也会导致土地荒废、赋税和徭役的征发困难，必然会加重明朝财政及经济发展的困境。
第三个根源，赋役不公，百姓负担沉重。明朝的赋役制度，是沿用前朝的两税法，田赋有夏税和秋粮之分，役法有里甲、均瑶、杂泛，所以赋税和徭役是分开的。
税是按田亩数量进行征收，对象是田。徭役征发的对象是户丁，这种赋役的征发方案，理论上是公平的。
但是自嘉靖、隆庆之后，官僚豪绅们在拥有优免定额的权利以外，还运用各种舞弊的手段，逃避赋役。
他们通常会买通胥吏，用“飞洒”，“诡寄”等方法，巧妙规避，逃脱赋役责任，而将繁重的赋役转嫁到贫苦的百姓头上，以至于出现了“富者田广而赋役轻，贫者田狭而赋役重”和“有有田而无赋者，有有赋而无田者”的情况。造成赋役严重不均的现象。
在这些因素的恶性循环下，明朝的社会经济危机和政治危机日益凸显，国困民穷的现状逼迫着明朝开始寻觅改革自救的办法。
张居正推行改革正是基于这种种困境，迫使明朝不得不作出改变。
为了巩固明朝的统治，振兴国家财政，决定发动一场自上而下的变革，力图推行以“一条鞭法”为核心的财政经济改革。但在这之前，需要先整顿明朝早已腐朽的吏治。
在张居正看来，整顿刷新吏治必须先行。明自嘉靖以来，政府的腐败和官吏的因循守旧情况极为严重，大臣的奏章，各衙门的公文，每天都充塞着这个庞大的行政体系，但解决问题的效率却极为低下。
张居正很清楚，要解决这种运转不灵缺乏效率的官僚体制，势必会触动各级官员的既得利益，阻力必然不小。但他更清楚，整顿吏治刻不容缓，只有吏治有成，他的经济改革“一条鞭法”才能真正的推行下去。
为此，张居正开始实行考成法。
“抚按考成，奏章每具二册，一送内阁，一送六科，抚按延迟，则部臣纠之。六部隐蔽，则科臣纠之。六科隐蔽，则内阁纠之”。
张居正以六科控制六部，再以内阁控制六科，形成了一个完整的行政审批监督系统，层层制约，随时考成，极大的提高了对中央及地方各级官吏的管理效率。
当时，每逢考核地方官的“大计”之年，他都强调要秉公办事、实心为民的官员列为“上考”，专靠花言巧语，谋取信任的官员列为“下考”，对于那些缺乏办事效率的冗官全部裁撤。